في 4/5/1428هـ اتخذ مجلس الوزراء القرار رقم (154) اعتمد بموجبه تنظيماً جديداً للهيئة، أضاف إلى مسؤولياتها مهمة تنظيم تحلية المياه، ونقلها إلى نقاط التوزيع، والمتاجرة بها.

ونص التنظيم على إصدار لائحته التنفيذية خلال (180) مئة وثمانين يوماً من تاريخ نشره في الجريدة الرسمية، وقد تمكنت الهيئة بنهاية العام المالي 1427/1428هـ من إنجاز مسودة اللائحة التنفيذية، وتم عرضها على مجلس إدارة الهيئة فأقرها في الجلسة التي عقدها بتاريخ 2/5/1429هـ، ونشرت اللائحة في العدد (4205) من صحيفة أم القرى بتاريخ 9/6/1429هـ